| Titre : |
caracterisation de nouveaux inhibiteurs de la ripk1, enzyme de la nécroptose |
| Type de document : |
texte imprimé |
| Auteurs : |
Amina Brahimi, Auteur ; Abir Bouguern, Auteur ; A Chikhi, Directeur de thèse |
| Editeur : |
CONSTANTINE [ALGERIE] : Université Frères Mentouri Constantine |
| Année de publication : |
2019 |
| Importance : |
136 f. |
| Format : |
30 cm. |
| Note générale : |
Une copie electronique PDF disponible au BUC. |
| Langues : |
Français (fre) |
| Catégories : |
Biologie:Biochimie et Biologie Cellulaire et Moléculaire
|
| Tags : |
docking moléculaire, surflex, autodock, nécroptose, RIPK1, Lipinski,Biochimie Appliquée. |
| Index. décimale : |
730 Biochimie et biologie cellulaire |
| Résumé : |
Le but de ce travail était de trouver un composé à meilleur effet inhibiteur que le composé « 1HX » qui
agit sur la cible RIP1 Kinase, enzyme impliquée dans la nécroptose.
En premier lieu, on a réalisé une comparaison de deux logiciels « Autodock » et « Surflex » en utilisant
300 complexes. Nous avons obtenu les pourcentages de valeurs positives de RMSD suivants : 56.67%
pour Autodock et 62.67% pour Surflex. Et pour confirmation, ce test a été suivi d’une analyse visuelle
de la superposition des ligands de référence et ceux obtenus par docking moléculaire pour les deux
logiciels.
Ensuite, nous avons déterminé le coefficient de corrélation linéaire « r » en utilisant 30 complexes. Les
valeurs obtenues sont de 0.6585 pour Autodock et de -0.7358 pour Surflex. Ainsi, nous avons poursuivi
notre étude par Surflex en raison de sa performance prouvée par le bon pourcentage de valeurs positives
du RMSD (62.67%) et un bon coefficient de corrélation (r = - 0.7358)
Un criblage virtuel a été effectué sur 311 similaires téléchargés de la Pubchem de notre ligand de
référence 1HX dont l’affinité est : 5.06 M-1. Les résultats de cette opération ont permis de sélectionner
les 4 meilleurs composés suivants : A, B, C et D. avec des affinités supérieures à 7 M-1.
Des substitutions ont été apportées à la structure de 1HX, notre ligand de référence, dans le but
d’améliorer son action inhibitrice. Nous avons effectué 2 types de substitution :
La mono substitution a concerné 10 composés et a permis une amélioration de l’affinité de sept d’entre
eux : 1, 2, 3, 6, 7, 8 et 9. Alors que la bi substitution, concernant 11 composés, a amélioré neuf d’entre
eux qui sont : 11, 12, 14, 15, 17, 18, 19, 20 et 21.
L’analyse visuelle des interactions n’a concerné que les composés A, B, C et D et 1, 11et 14 ayant une
affinité supérieure à 7 M-1.
Une évaluation positive des propriétés pharmacologiques par le logiciel « DruLiTo » a déduit que nos
composés peuvent agir comme médicament administré par voie orale.
Il est cependant nécessaire de vérifier et confirmer ces résultats théoriques par des études
expérimentales in vitro et/ou in vivo |
| Diplome : |
Master 2 |
| Permalink : |
https://bu.umc.edu.dz/master/index.php?lvl=notice_display&id=11894 |
caracterisation de nouveaux inhibiteurs de la ripk1, enzyme de la nécroptose [texte imprimé] / Amina Brahimi, Auteur ; Abir Bouguern, Auteur ; A Chikhi, Directeur de thèse . - CONSTANTINE [ALGERIE] : Université Frères Mentouri Constantine, 2019 . - 136 f. ; 30 cm. Une copie electronique PDF disponible au BUC. Langues : Français ( fre)
| Catégories : |
Biologie:Biochimie et Biologie Cellulaire et Moléculaire
|
| Tags : |
docking moléculaire, surflex, autodock, nécroptose, RIPK1, Lipinski,Biochimie Appliquée. |
| Index. décimale : |
730 Biochimie et biologie cellulaire |
| Résumé : |
Le but de ce travail était de trouver un composé à meilleur effet inhibiteur que le composé « 1HX » qui
agit sur la cible RIP1 Kinase, enzyme impliquée dans la nécroptose.
En premier lieu, on a réalisé une comparaison de deux logiciels « Autodock » et « Surflex » en utilisant
300 complexes. Nous avons obtenu les pourcentages de valeurs positives de RMSD suivants : 56.67%
pour Autodock et 62.67% pour Surflex. Et pour confirmation, ce test a été suivi d’une analyse visuelle
de la superposition des ligands de référence et ceux obtenus par docking moléculaire pour les deux
logiciels.
Ensuite, nous avons déterminé le coefficient de corrélation linéaire « r » en utilisant 30 complexes. Les
valeurs obtenues sont de 0.6585 pour Autodock et de -0.7358 pour Surflex. Ainsi, nous avons poursuivi
notre étude par Surflex en raison de sa performance prouvée par le bon pourcentage de valeurs positives
du RMSD (62.67%) et un bon coefficient de corrélation (r = - 0.7358)
Un criblage virtuel a été effectué sur 311 similaires téléchargés de la Pubchem de notre ligand de
référence 1HX dont l’affinité est : 5.06 M-1. Les résultats de cette opération ont permis de sélectionner
les 4 meilleurs composés suivants : A, B, C et D. avec des affinités supérieures à 7 M-1.
Des substitutions ont été apportées à la structure de 1HX, notre ligand de référence, dans le but
d’améliorer son action inhibitrice. Nous avons effectué 2 types de substitution :
La mono substitution a concerné 10 composés et a permis une amélioration de l’affinité de sept d’entre
eux : 1, 2, 3, 6, 7, 8 et 9. Alors que la bi substitution, concernant 11 composés, a amélioré neuf d’entre
eux qui sont : 11, 12, 14, 15, 17, 18, 19, 20 et 21.
L’analyse visuelle des interactions n’a concerné que les composés A, B, C et D et 1, 11et 14 ayant une
affinité supérieure à 7 M-1.
Une évaluation positive des propriétés pharmacologiques par le logiciel « DruLiTo » a déduit que nos
composés peuvent agir comme médicament administré par voie orale.
Il est cependant nécessaire de vérifier et confirmer ces résultats théoriques par des études
expérimentales in vitro et/ou in vivo |
| Diplome : |
Master 2 |
| Permalink : |
https://bu.umc.edu.dz/master/index.php?lvl=notice_display&id=11894 |
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