| Titre : |
« Conception in silico de nouveaux inhibiteurs de la réplicase virale (ARN polymérase ARN-dépendante) (RdRp ou nsp12) du SARS-CoV-2 » |
| Type de document : |
texte imprimé |
| Auteurs : |
Rania Chaib, Auteur ; Choubeila Ikhelef, Auteur ; A Chikhi, Directeur de thèse |
| Editeur : |
CONSTANTINE [ALGERIE] : Université Frères Mentouri Constantine |
| Année de publication : |
2021 |
| Importance : |
110 f. |
| Format : |
30 cm. |
| Note générale : |
Une copie electronique PDF disponible au BUC |
| Langues : |
Français (fre) |
| Catégories : |
Biologie:Biologie Appliquée
|
| Tags : |
criblage virtuel, Docking moléculaire, inhibiteur, lipinski, RMSD, RNA
polymérase RNA-dépendante ‘‘RdRp’’, Surflex,Biochimie Appliquée. |
| Index. décimale : |
710 Biologie Appliquée |
| Résumé : |
Le but essentiel de ce travail est l’utilisation du docking moléculaire afin de développer in
silico de nouveaux inhibiteurs de la RNA polymérase RNA-dépendante ‘‘RdRp’’, cible
intéressante pour lutter contre la COVID-19.
Après confirmation de la fiabilité du logiciel Surflex par l’évaluation de trois paramètres : le
RMSD, le test de visualisation et le coefficient de corrélation, nous l’avons utilisé en vue de
découvrir de nouveaux inhibiteurs de notre cible la RdRp.
Pour cela, nous avons effectué un criblage de 200 structures avec un taux de similarité de
85% de notre ligand de référence, le composé GE6 dont l’affinité à notre cible est égale à 4.33
M-1 pour tenter d’identifier des inhibiteurs plus efficaces.
Trois structures parmi ces ligands ayant des affinités supérieures à 4.33 M-1 ont été retenues.
La majorité des paramètres physico-chimiques de ces composés n’étant pas conformes aux
critères imposés par la règle de Lipinski, nous avons essayé d’améliorer ses résultats en
modifiant légèrement la structure de base. Nous avons obtenu ainsi une nouvelle structure
ayant une affinité de 5.28 M- 1 supérieure à celle de notre ligand de référence et qui, de plus,
valide tous les critères de la règle de Lipinski.
A partir de cette structure de base, nous avons réalisé diverses substitutions : 62 monosubstitutions et 34 bi-substitutions. Parmi tous les composés obtenus, seulement 23 ont
présenté une affinité supérieure à celle de la molécule de départ et dont les meilleurs sont : le
composé mono-substitué M53 avec une affinité de 6.43 M-1 et le composé bi-substitué B20
avec une affinité de 7.11 M-1.
L’étude des paramètres physico-chimiques, pharmacocinétiques et de la toxicité par
l’utilisation d’un serveur « ADMETlab » montre que le composé B20, possédant la meilleure
affinité et un bon profil ADMET, peut être proposé comme un nouvel inhibiteur potentiel de
la RdRp.
Ces résultats obtenus in silico doivent être complétés par des études expérimentales in-vitro
et/ou in-vivo. |
| Diplome : |
Master 2 |
| Permalink : |
https://bu.umc.edu.dz/master/index.php?lvl=notice_display&id=15763 |
« Conception in silico de nouveaux inhibiteurs de la réplicase virale (ARN polymérase ARN-dépendante) (RdRp ou nsp12) du SARS-CoV-2 » [texte imprimé] / Rania Chaib, Auteur ; Choubeila Ikhelef, Auteur ; A Chikhi, Directeur de thèse . - CONSTANTINE [ALGERIE] : Université Frères Mentouri Constantine, 2021 . - 110 f. ; 30 cm. Une copie electronique PDF disponible au BUC Langues : Français ( fre)
| Catégories : |
Biologie:Biologie Appliquée
|
| Tags : |
criblage virtuel, Docking moléculaire, inhibiteur, lipinski, RMSD, RNA
polymérase RNA-dépendante ‘‘RdRp’’, Surflex,Biochimie Appliquée. |
| Index. décimale : |
710 Biologie Appliquée |
| Résumé : |
Le but essentiel de ce travail est l’utilisation du docking moléculaire afin de développer in
silico de nouveaux inhibiteurs de la RNA polymérase RNA-dépendante ‘‘RdRp’’, cible
intéressante pour lutter contre la COVID-19.
Après confirmation de la fiabilité du logiciel Surflex par l’évaluation de trois paramètres : le
RMSD, le test de visualisation et le coefficient de corrélation, nous l’avons utilisé en vue de
découvrir de nouveaux inhibiteurs de notre cible la RdRp.
Pour cela, nous avons effectué un criblage de 200 structures avec un taux de similarité de
85% de notre ligand de référence, le composé GE6 dont l’affinité à notre cible est égale à 4.33
M-1 pour tenter d’identifier des inhibiteurs plus efficaces.
Trois structures parmi ces ligands ayant des affinités supérieures à 4.33 M-1 ont été retenues.
La majorité des paramètres physico-chimiques de ces composés n’étant pas conformes aux
critères imposés par la règle de Lipinski, nous avons essayé d’améliorer ses résultats en
modifiant légèrement la structure de base. Nous avons obtenu ainsi une nouvelle structure
ayant une affinité de 5.28 M- 1 supérieure à celle de notre ligand de référence et qui, de plus,
valide tous les critères de la règle de Lipinski.
A partir de cette structure de base, nous avons réalisé diverses substitutions : 62 monosubstitutions et 34 bi-substitutions. Parmi tous les composés obtenus, seulement 23 ont
présenté une affinité supérieure à celle de la molécule de départ et dont les meilleurs sont : le
composé mono-substitué M53 avec une affinité de 6.43 M-1 et le composé bi-substitué B20
avec une affinité de 7.11 M-1.
L’étude des paramètres physico-chimiques, pharmacocinétiques et de la toxicité par
l’utilisation d’un serveur « ADMETlab » montre que le composé B20, possédant la meilleure
affinité et un bon profil ADMET, peut être proposé comme un nouvel inhibiteur potentiel de
la RdRp.
Ces résultats obtenus in silico doivent être complétés par des études expérimentales in-vitro
et/ou in-vivo. |
| Diplome : |
Master 2 |
| Permalink : |
https://bu.umc.edu.dz/master/index.php?lvl=notice_display&id=15763 |
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Affiner la recherche« Conception in silico de nouveaux inhibiteurs de la réplicase virale (ARN polymérase ARN-dépendante) (RdRp ou nsp12) du SARS-CoV-2 » / Rania Chaib
