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'Docking moléculaire' 
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Titre : Inhibition in silico de l’ARN polyméraseNS5B pour combattre le virus de l’hépatite C Type de document : texte imprimé Auteurs : Kaouther Chikhi, Auteur ; Oumeima Ayadi, Auteur ; E.H. MOKRANI, Directeur de thèse Editeur : CONSTANTINE [ALGERIE] : Université Frères Mentouri Constantine Année de publication : 2016 Importance : 50 f. Format : 30 cm. Note générale : Une copie electronique PDF disponible en BUC Langues : Français (fre) Catégories : Biologie:Biochimie et Biologie Cellulaire et Moléculaire Tags : Docking moléculaire Surflex-dock RMSD, coefficient de corrélation l’ARN polymérase
NS5B Hépatite C substitutions Biochimie Moléculaire et Santé.Index. décimale : 730 Biochimie et biologie cellulaire Résumé : L’hépatite C est une inflammation du foie provoquée par le virus VHC pour laquelle les chercheurs
n’ont pu mettre au point ni vaccin ni traitement efficace jusqu’à aujourd’hui. Récemment, le sofosbuvir, un
inhibiteur de l’ARN polymérase NS5B, a été mis sur le marché comme traitement de l’hépatite C.
Cependant, les limites de ce traitement en termes d’efficacité et d’effets indésirables imposent de
développer de nouvelles molécules.
Dans cette optique, nous avons effectué plusieurs substitutions du Sofosbuvir afin d’étudier
l’inhibition de l’ARN polymérase NS5B ainsi que leur mode d’interaction avec cette enzyme en utilisant la
technique du docking moléculaire via le programme Surflex. Auparavant, nous avions testé l’efficacité de
ce logiciel à travers une expérimentation qui a donné plus de 82% des valeurs du RMSD inférieures à 2 Å et
un coefficient de corrélation de l’ordre de 0.52, ce qui est jugé assez performant. Le logiciel peut donc être
utilisé en toute confiance pour l’étude des différentes structures moléculaires retenues dans ce travail.
En effet, nous avons effectué 36 mono substitutions et 20 bi substitutions. par ce fait, nous avons
remarqué une amélioration significative de l'affinité par rapport à celle de la molécule de base qui était de
(5,52 M-1).
Parmi ces composés présentant des affinités supérieures à celle du Sofosbuvir nous avons choisi les
meilleurs à savoir les composés (N° 04, 26, 27,17, 37 et 53) qui ont des affinités respectives de (10,37 ;
9,07 ; 10,46 ; 9,06 ; 7,72 ; 8,30 M-1) pour évaluer les paramètres permettant leur validation comme
inhibiteurs de l’enzyme.
L’application de la règle de 5 de Lipinski nous a permis de proposer 4 molécules parmi les substituants
obtenus et que nous recommandons comme des inhibiteurs potentiellement plus actifs que le Sofosbuvir.
Leur validation en tant que nouveaux composés antiviraux reste, cependant, tributaire de tests
complémentaires in vitro et in vivo.Diplome : Master 2 Permalink : https://bu.umc.edu.dz/master/index.php?lvl=notice_display&id=3692 Inhibition in silico de l’ARN polyméraseNS5B pour combattre le virus de l’hépatite C [texte imprimé] / Kaouther Chikhi, Auteur ; Oumeima Ayadi, Auteur ; E.H. MOKRANI, Directeur de thèse . - CONSTANTINE [ALGERIE] : Université Frères Mentouri Constantine, 2016 . - 50 f. ; 30 cm.
Une copie electronique PDF disponible en BUC
Langues : Français (fre)
Catégories : Biologie:Biochimie et Biologie Cellulaire et Moléculaire Tags : Docking moléculaire Surflex-dock RMSD, coefficient de corrélation l’ARN polymérase
NS5B Hépatite C substitutions Biochimie Moléculaire et Santé.Index. décimale : 730 Biochimie et biologie cellulaire Résumé : L’hépatite C est une inflammation du foie provoquée par le virus VHC pour laquelle les chercheurs
n’ont pu mettre au point ni vaccin ni traitement efficace jusqu’à aujourd’hui. Récemment, le sofosbuvir, un
inhibiteur de l’ARN polymérase NS5B, a été mis sur le marché comme traitement de l’hépatite C.
Cependant, les limites de ce traitement en termes d’efficacité et d’effets indésirables imposent de
développer de nouvelles molécules.
Dans cette optique, nous avons effectué plusieurs substitutions du Sofosbuvir afin d’étudier
l’inhibition de l’ARN polymérase NS5B ainsi que leur mode d’interaction avec cette enzyme en utilisant la
technique du docking moléculaire via le programme Surflex. Auparavant, nous avions testé l’efficacité de
ce logiciel à travers une expérimentation qui a donné plus de 82% des valeurs du RMSD inférieures à 2 Å et
un coefficient de corrélation de l’ordre de 0.52, ce qui est jugé assez performant. Le logiciel peut donc être
utilisé en toute confiance pour l’étude des différentes structures moléculaires retenues dans ce travail.
En effet, nous avons effectué 36 mono substitutions et 20 bi substitutions. par ce fait, nous avons
remarqué une amélioration significative de l'affinité par rapport à celle de la molécule de base qui était de
(5,52 M-1).
Parmi ces composés présentant des affinités supérieures à celle du Sofosbuvir nous avons choisi les
meilleurs à savoir les composés (N° 04, 26, 27,17, 37 et 53) qui ont des affinités respectives de (10,37 ;
9,07 ; 10,46 ; 9,06 ; 7,72 ; 8,30 M-1) pour évaluer les paramètres permettant leur validation comme
inhibiteurs de l’enzyme.
L’application de la règle de 5 de Lipinski nous a permis de proposer 4 molécules parmi les substituants
obtenus et que nous recommandons comme des inhibiteurs potentiellement plus actifs que le Sofosbuvir.
Leur validation en tant que nouveaux composés antiviraux reste, cependant, tributaire de tests
complémentaires in vitro et in vivo.Diplome : Master 2 Permalink : https://bu.umc.edu.dz/master/index.php?lvl=notice_display&id=3692 Exemplaires (1)
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Titre : Contribution à la mise en évidence de nouveauxinhibiteurs de la Protéine Tyrosine Phosphatase 1B par docking moléculaire Type de document : texte imprimé Auteurs : Amina Chaalal, Auteur ; Chahinez Fatmi, Auteur ; A Bensegueni, Directeur de thèse Editeur : CONSTANTINE [ALGERIE] : Université Frères Mentouri Constantine Année de publication : 2017 Importance : 69 f. Format : 30 cm. Note générale : Une copie electronique PDF disponible en BUC Langues : Français (fre) Catégories : Biologie:Biochimie et Biologie Cellulaire et Moléculaire Tags : Docking moléculaire Surflex PTP1B Diabète Inhibiteur affinité Lipinski Index. décimale : 730 Biochimie et biologie cellulaire Résumé : Notre travail permet de rechercher de nouveaux inhibiteurs de la PTP1B, cible valide pour
le traitement de la maladie de diabète de type 2.Nous avons utilisé le programme de docking
moléculaire Surflex, après la confirmation de sa fiabilité par les 3 tests : le RMSD, l’analyse
visuelle et le coefficient de corrélation.
Le docking a été réalisé sur 55 similaires. Les résultats montrent que les affinités des
similaires CID_44265877 (5.64), CID_18398718 (5.34), CID_18398702 (5.11), CID_59892044
(4.93), CID_23646466 (4.44) sont supérieurs à celle du composé 1, de ce fait nous proposons
ces similaires comme de nouveaux inhibiteurs de la PTP1B.
On a fini le travail par la règle de 5 de Lipinski pour affirmer que tous ces composés
possèdent des propriétés pharmacocinétiques ADME positifsDiplome : Master 2 Permalink : https://bu.umc.edu.dz/master/index.php?lvl=notice_display&id=4940 Contribution à la mise en évidence de nouveauxinhibiteurs de la Protéine Tyrosine Phosphatase 1B par docking moléculaire [texte imprimé] / Amina Chaalal, Auteur ; Chahinez Fatmi, Auteur ; A Bensegueni, Directeur de thèse . - CONSTANTINE [ALGERIE] : Université Frères Mentouri Constantine, 2017 . - 69 f. ; 30 cm.
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Catégories : Biologie:Biochimie et Biologie Cellulaire et Moléculaire Tags : Docking moléculaire Surflex PTP1B Diabète Inhibiteur affinité Lipinski Index. décimale : 730 Biochimie et biologie cellulaire Résumé : Notre travail permet de rechercher de nouveaux inhibiteurs de la PTP1B, cible valide pour
le traitement de la maladie de diabète de type 2.Nous avons utilisé le programme de docking
moléculaire Surflex, après la confirmation de sa fiabilité par les 3 tests : le RMSD, l’analyse
visuelle et le coefficient de corrélation.
Le docking a été réalisé sur 55 similaires. Les résultats montrent que les affinités des
similaires CID_44265877 (5.64), CID_18398718 (5.34), CID_18398702 (5.11), CID_59892044
(4.93), CID_23646466 (4.44) sont supérieurs à celle du composé 1, de ce fait nous proposons
ces similaires comme de nouveaux inhibiteurs de la PTP1B.
On a fini le travail par la règle de 5 de Lipinski pour affirmer que tous ces composés
possèdent des propriétés pharmacocinétiques ADME positifsDiplome : Master 2 Permalink : https://bu.umc.edu.dz/master/index.php?lvl=notice_display&id=4940 Réservation
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Titre : Simulation par docking moléculaire des interactions enzyme - inhibiteur : cas de la mmp-13 Type de document : texte imprimé Auteurs : Samia Bendamene, Auteur ; Zohra Zahraouif, Auteur ; A Bensegueni, Directeur de thèse Editeur : CONSTANTINE [ALGERIE] : Université Frères Mentouri Constantine Année de publication : 2016 Importance : 87 f. Format : 30 cm. Note générale : Une copie electronique PDF disponible en BUC Langues : Français (fre) Catégories : Biologie:Biochimie et Biologie Cellulaire et Moléculaire Tags : Surflex docking moléculaire arthrose MMP-13 inhibiteur scores Lipinski. Index. décimale : 730 Biochimie et biologie cellulaire Résumé : La modélisation moléculaire des interactions inhibiteur-protéine est une méthode utilisée en chimie pharmaceutique , pour la recherche des nouveaux médicaments en utilisant des programmes de docking moléculaire qui permettent de tester des milliers de molécules pour une cible déterminé .
Dans notre travail nous avons fait appel au programme surflex pour la recherche in silico de nouveaux inhibiteurs plus puissants de la MMP-13 ; une enzyme cible pour le traitement de la maladie de l’arthrose.
Les résultats du RMSD (75%≤2Å) accompagnés par une analyse visuelle ,ainsi qu’un coefficient de corrélation de 0.68 ont montré la fiabilité du programme Surflex.
Le docking a été réalisé sur 234 molécules (similaires des meilleurs inhibiteurs ; composé 14 et composé 36 avec des scores de 5.12et 5.16) proposée par la banque de données PubChem. D’après les résultats, nous avons sélectionné le composé A (CID 76807337) et le composé E (CID 117813931) présentant les meilleurs scores de 5.69 et 5.40 comme des nouveaux inhibiteurs théoriques plus puissants pour la MMP-13.
L’application de la règle de Lipinski sur ces 2 composés a permis l’évaluation de leurs propriétés pharmaco-dynamiques ADME qui sont apparus positifs.Diplome : Master 2 Permalink : https://bu.umc.edu.dz/master/index.php?lvl=notice_display&id=3601 Simulation par docking moléculaire des interactions enzyme - inhibiteur : cas de la mmp-13 [texte imprimé] / Samia Bendamene, Auteur ; Zohra Zahraouif, Auteur ; A Bensegueni, Directeur de thèse . - CONSTANTINE [ALGERIE] : Université Frères Mentouri Constantine, 2016 . - 87 f. ; 30 cm.
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Catégories : Biologie:Biochimie et Biologie Cellulaire et Moléculaire Tags : Surflex docking moléculaire arthrose MMP-13 inhibiteur scores Lipinski. Index. décimale : 730 Biochimie et biologie cellulaire Résumé : La modélisation moléculaire des interactions inhibiteur-protéine est une méthode utilisée en chimie pharmaceutique , pour la recherche des nouveaux médicaments en utilisant des programmes de docking moléculaire qui permettent de tester des milliers de molécules pour une cible déterminé .
Dans notre travail nous avons fait appel au programme surflex pour la recherche in silico de nouveaux inhibiteurs plus puissants de la MMP-13 ; une enzyme cible pour le traitement de la maladie de l’arthrose.
Les résultats du RMSD (75%≤2Å) accompagnés par une analyse visuelle ,ainsi qu’un coefficient de corrélation de 0.68 ont montré la fiabilité du programme Surflex.
Le docking a été réalisé sur 234 molécules (similaires des meilleurs inhibiteurs ; composé 14 et composé 36 avec des scores de 5.12et 5.16) proposée par la banque de données PubChem. D’après les résultats, nous avons sélectionné le composé A (CID 76807337) et le composé E (CID 117813931) présentant les meilleurs scores de 5.69 et 5.40 comme des nouveaux inhibiteurs théoriques plus puissants pour la MMP-13.
L’application de la règle de Lipinski sur ces 2 composés a permis l’évaluation de leurs propriétés pharmaco-dynamiques ADME qui sont apparus positifs.Diplome : Master 2 Permalink : https://bu.umc.edu.dz/master/index.php?lvl=notice_display&id=3601 Exemplaires (1)
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Titre : Etude in silico de la 5-lipoxygenase en tant qu’enzyme impliqueedans les maladies inflammatoires Type de document : texte imprimé Auteurs : Chams Eddine Boutrif, Auteur ; Abderraouf Merdassi, Auteur ; A Bensegueni, Directeur de thèse Editeur : CONSTANTINE [ALGERIE] : Université Frères Mentouri Constantine Année de publication : 2014 Importance : 70 f. Format : 30 cm. Note générale : Une copie electronique PDF disponible en BUC Langues : Français (fre) Catégories : Biologie:Biochimie et Biologie Cellulaire et Moléculaire Tags : 5-lipoxygénase AutoDock Docking moléculaire Inhibiteur Energie d’interaction En vue de l’obtention du diplôme de Master en Biochimie. Index. décimale : 730 Biochimie et biologie cellulaire Résumé : Dans notre travail, nous nous sommes focalisés sur l’inhibition de la 5-lipoxygénase
(5-LOX) en tant qu’enzyme impliquée dans les maladies inflammatoires.
Le programme de docking moléculaire AutoDock a été développé pour aider a la mise
au point des molécules à activité thérapeutique. Avec un bon pourcentage de valeur RMSD
inférieures à 2Å et un coefficient de corrélation fort, Les performances du programme
AutoDock sont incontestables. Il a été utilisé pour étudier l’inhibition de la 5-LOX par divers
composés provenant de la littérature.
Nous avons réalisé plusieurs substitutions sur l’acide caféique, l’énergie d’interaction a
pu être améliorée de –3.08 Kcal/Mole à -5.04 Kcal/Mole. Enfin, l’application de la règle de
Lipinski nous renseigne de manière positive sur les propriétés ADME du composé 12 issu de
la substitution qui se présente comme un inhibiteur théorique plus affin et plus sélectif de la 5-
LOX.
L’approche in silico par AutoDock s’avère donc une méthode fiable pouvant contribuer
de manière efficace au développement de nouveaux inhibiteurs d’une enzyme donnée.Diplome : Master 2 Permalink : https://bu.umc.edu.dz/master/index.php?lvl=notice_display&id=5633 Etude in silico de la 5-lipoxygenase en tant qu’enzyme impliqueedans les maladies inflammatoires [texte imprimé] / Chams Eddine Boutrif, Auteur ; Abderraouf Merdassi, Auteur ; A Bensegueni, Directeur de thèse . - CONSTANTINE [ALGERIE] : Université Frères Mentouri Constantine, 2014 . - 70 f. ; 30 cm.
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Catégories : Biologie:Biochimie et Biologie Cellulaire et Moléculaire Tags : 5-lipoxygénase AutoDock Docking moléculaire Inhibiteur Energie d’interaction En vue de l’obtention du diplôme de Master en Biochimie. Index. décimale : 730 Biochimie et biologie cellulaire Résumé : Dans notre travail, nous nous sommes focalisés sur l’inhibition de la 5-lipoxygénase
(5-LOX) en tant qu’enzyme impliquée dans les maladies inflammatoires.
Le programme de docking moléculaire AutoDock a été développé pour aider a la mise
au point des molécules à activité thérapeutique. Avec un bon pourcentage de valeur RMSD
inférieures à 2Å et un coefficient de corrélation fort, Les performances du programme
AutoDock sont incontestables. Il a été utilisé pour étudier l’inhibition de la 5-LOX par divers
composés provenant de la littérature.
Nous avons réalisé plusieurs substitutions sur l’acide caféique, l’énergie d’interaction a
pu être améliorée de –3.08 Kcal/Mole à -5.04 Kcal/Mole. Enfin, l’application de la règle de
Lipinski nous renseigne de manière positive sur les propriétés ADME du composé 12 issu de
la substitution qui se présente comme un inhibiteur théorique plus affin et plus sélectif de la 5-
LOX.
L’approche in silico par AutoDock s’avère donc une méthode fiable pouvant contribuer
de manière efficace au développement de nouveaux inhibiteurs d’une enzyme donnée.Diplome : Master 2 Permalink : https://bu.umc.edu.dz/master/index.php?lvl=notice_display&id=5633 Réservation
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Titre : Etude in silico de l'inhibition del'arginase-1 en tant que cible enzymatique impliquée dans l'asthme. Type de document : texte imprimé Auteurs : Rayane Boulheouchat, Auteur ; Radia Bousmid, Auteur ; A Bensegueni, Directeur de thèse Editeur : CONSTANTINE [ALGERIE] : Université Frères Mentouri Constantine Année de publication : 2017 Importance : 71 f. Format : 30 cm. Note générale : Une copie electronique PDF disponible en BUC Langues : Français (fre) Catégories : Biologie:Biochimie et Biologie Cellulaire et Moléculaire Tags : Docking moléculaire Interaction ligand-récepteur Surflex Arginase-1 Asthme Interaction hydrophobe Liaison hydrogène Biodisponibilité Biochimie / Biochimie Moléculaire et Santé. Index. décimale : 730 Biochimie et biologie cellulaire Résumé : Le docking moléculaire in silico représente l’une des techniques les plus performantes dans
l’étude des interactions ligand-récepteur.
Dans ce contexte, Surflex est utilisé afin d’évaluer l’activité biologique (inhibition) de l’arginase-1
(ARG-1), cible thérapeutique de la maladie d’asthme, par des molécules issues de la littérature.
L’évaluation de l’affinté de ces molécules, a permis de dégager l’effet inhibiteur des deux molécules obtenu
par mono- substitution de deux molécules mères : le groupement amide (CON) sur la position « e » du
composé « 14 » et le groupement alcool primaire (CH2OH) sur la position «b » du composé « 18 ». Les
valeurs de leurs scores sont améliorées de 4.67 à 6.9 et de 6.08 à la valeur de 8.32, respectivement. Ainsi,
nous avons montré que ces molécules interagissent et gardent leurs stabilités au niveau du site actif de
l’ARG-1 par des interactions de type hydrophobes et liaisons hydrogène.
La biodisponibilité de ces molécules a été vérifiée tout en calculant leurs propriétés
pharmacocinétiques à partir des règles de Lipinski. Ce dernier nous renseigne de manière positive sur les
propriétés ADME de ces composés qui se présentent comme de nouveaux inhibiteurs théoriquement plus
actifs envers l’ARG-1.Diplome : Master 2 Permalink : https://bu.umc.edu.dz/master/index.php?lvl=notice_display&id=4255 Etude in silico de l'inhibition del'arginase-1 en tant que cible enzymatique impliquée dans l'asthme. [texte imprimé] / Rayane Boulheouchat, Auteur ; Radia Bousmid, Auteur ; A Bensegueni, Directeur de thèse . - CONSTANTINE [ALGERIE] : Université Frères Mentouri Constantine, 2017 . - 71 f. ; 30 cm.
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Catégories : Biologie:Biochimie et Biologie Cellulaire et Moléculaire Tags : Docking moléculaire Interaction ligand-récepteur Surflex Arginase-1 Asthme Interaction hydrophobe Liaison hydrogène Biodisponibilité Biochimie / Biochimie Moléculaire et Santé. Index. décimale : 730 Biochimie et biologie cellulaire Résumé : Le docking moléculaire in silico représente l’une des techniques les plus performantes dans
l’étude des interactions ligand-récepteur.
Dans ce contexte, Surflex est utilisé afin d’évaluer l’activité biologique (inhibition) de l’arginase-1
(ARG-1), cible thérapeutique de la maladie d’asthme, par des molécules issues de la littérature.
L’évaluation de l’affinté de ces molécules, a permis de dégager l’effet inhibiteur des deux molécules obtenu
par mono- substitution de deux molécules mères : le groupement amide (CON) sur la position « e » du
composé « 14 » et le groupement alcool primaire (CH2OH) sur la position «b » du composé « 18 ». Les
valeurs de leurs scores sont améliorées de 4.67 à 6.9 et de 6.08 à la valeur de 8.32, respectivement. Ainsi,
nous avons montré que ces molécules interagissent et gardent leurs stabilités au niveau du site actif de
l’ARG-1 par des interactions de type hydrophobes et liaisons hydrogène.
La biodisponibilité de ces molécules a été vérifiée tout en calculant leurs propriétés
pharmacocinétiques à partir des règles de Lipinski. Ce dernier nous renseigne de manière positive sur les
propriétés ADME de ces composés qui se présentent comme de nouveaux inhibiteurs théoriquement plus
actifs envers l’ARG-1.Diplome : Master 2 Permalink : https://bu.umc.edu.dz/master/index.php?lvl=notice_display&id=4255 Réservation
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